Au Burundi, les élections s’accompagnent d’un phénomène de cooptation. Cette décision émane des accords d’Arusha. Cette solution de cooptation permet aux minorités de ne plus se sentir exclues du pouvoir et de véhiculer leurs opinions en étant bien intégrées dans les institutions dirigeantes alors qu’elles ne le pourraient pas à travers le processus électoral, étant donné qu’elles sont souvent victimes d’une certaine discrimination sociale. C’est le cas des femmes et des Batwa. La cooptation se fait également lorsque les quotas de 60% pour les Hutus et 40% pour les Tutsis ne sont pas atteints. Mais le code électoral est lacunaire par endroits. Selon Augustin Nkengurutse, Secrétaire Exécutif de la Commission électorale nationale indépendante (CENI), il est déplorable que le code électoral en vigueur soit lacunaire en ce qui concerne la cooptation au niveau des conseils communaux car, dans une certaine mesure, il est implicite. En effet, selon le code, un minimum de 30% des 15 membres du conseil communal doit être des femmes, soit 4,5 femmes, ce chiffre est donc arrondi par excès à cinq. Un autre exemple atypique est celui où la CENI a été obligée de remplacer le député Jean-Baptiste Manwangari, élu dans la commune Busoni en province Kirundo, par un Twa se trouvant sur la liste du parti UPRONA. Les Tutsis ayant dépassé (atteint) le quota et les Twa n’étant pas représentés alors que le code électoral dispose que lorsqu’un Twa se trouve sur la liste et qu’il n’a pas été élu, il doit être coopté afin de respecter l’équilibre ethnique. Et contrairement à ce qui se passe à l’Assemblée nationale, le conseil communal ne doit pas dépasser 15 membres, même en cas de cooptation. Le secrétaire exécutif de la CENI reconnaît que la cooptation opérée par cette commission au sein des conseils communaux a été un arrangement à l’amiable et recommande aux législateurs de tenir compte des suggestions des membres des commissions électorales afin qu’à l’avenir, la cooptation se fasse de la façon la plus démocratique possible.