Le caractère transversal du genre n’a pas été traduit dans l’ensemble du Cadre stratégique de lutte contre la pauvreté (CSLP), selon une étude intitulée « Analyse des lois budgétaires 2009 et 2010 dans la perspective de genre  » réalisée par ACORR-Burundi. D’après cette étude, bien qu’adoptée en 2003 avant l’élaboration du CSLP, la politique nationale genre n’a pas été intégrée dans les différents axes du CSLP. Les programmes de la majorité des ministères et autres institutions publiques et privées, qui s’inspirent du CSLP n’intègrent pas le politique nationale genre, que ce soit dans leur contenu ou dans leur mise en œuvre. Le ministère ayant le genre dans ses attributions se retrouve formellement être le seul responsable de l’intégration du genre et cela transparaît dans la matrice des actions par axe du CSLP. Le rôle limité qui est ainsi donné aux autres ministères dans la promotion du genre réduit l’importance de l’intégration du genre dans les processus sectoriels de planification et de budgétisation. L’étude débouche sur des recommandations notamment à l’endroit du ministère ayant le genre dans ses attributions qui a été invité à se doter rapidement d’un document de politique sectorielle s’inspirant effectivement de la politique nationale genre et qui décrit les modalités de mise en œuvre de cette politique en veillant à ce que ces deux instruments s’intègrent dans les stratégies du CSLP. Le même ministère devrait, selon l’étude, conduire une étude approfondie à l’échelle nationale sur la prise en compte du genre dans les différents secteurs de l’économie nationale, avec la participation de tous les intervenants en ce domaine pour sensibiliser encore plus les niveaux de prise de décision les plus élevés afin que le genre soit réellement intégré dans toutes les actions prioritaires nationales. La même étude recommande en outre que le ministère en charge de la planification s’assure que tous les projets proposés par les différents ministères intègrent systématiquement le genre lors de leur intégration dans les outils de planification et de programmation.